重朝の嫡子。はじめは武運と名乗っていたが、「不運」につながるとして改名したとされる。隈部氏をはじめとする家臣団の離反や、大叔父の宇土為光(二十代為邦の弟)の反乱などがあり、一時期は守山城も奪われ島原に避難する。その後奪還には成功するものの、この時の戦傷が元で23歳の若さで死去した。菊池一族直系としては最後の惣領となった。

墓所は熊耳山正観寺の、実相院があったとされる場所(現菊池グランドホテル前)にある。

正観寺にある能運の墓。夫婦の墓とされる。正観寺は、最盛時には本坊のほか多くの院坊があったとされ、実相院はその一つである。

菊池能運画像(菊池神社蔵・国指定重要文化財)