有機フッ素化合物であるペルフルオロオクタンスルホン酸（PFOS）及びペルフルオロオクタン酸（PFOA）については、水道法における水質基準には設定されておりませんが、国において水道水の水質管理目標設定項目（※）に位置づけられております。
菊池市水道局では、15ある配水系統のうち、令和５年８月採取にて３配水系統の原水（水源地の井戸水）、令和６年２月採取にて12配水系統の原水（水源地の井戸水）、令和7年2月採取にて８配水系統の浄水（一般の水栓）の調査を実施しましが、暫定目標値（PFOS及びPFOAの量の和として50ナノグラム／リットル以下）の上限を超過した濃度は検出されず、水質に問題はありませんでした。
調査した配水系統名・採取地点及び調査結果（単位：ﾅﾉｸﾞﾗﾑ／ﾘｯﾄﾙ）
| 地区 | 配水系統名 | 採取地点 | 採取時期 | 調査結果 | 暫定目標値 |
| 菊池 | 音町・城山（原水） | 亘 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 城山（浄水） | 隈府 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 大琳寺（原水） | 大琳寺 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 大琳寺（浄水） | 大琳寺 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 水 源（原水） | 原 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 水 源（浄水） | 木庭 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 迫 間（原水） | 重味 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 伊 野（原水） | 原 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 龍 門（原水） | 龍門 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 穴 川（原水） | 班蛇口 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 七城 | 七城雇用促進住宅（原水） | 甲佐町 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 旭志 | 旭志西部第１（原水） | 伊萩 | 令和５年８月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 旭志西部第１（浄水） | 新明 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 旭志西部第２（原水） | 麓 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 旭志西部第２（浄水） | 新明 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 旭志北部（原水） | 弁利 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 三の西沖（原水） | 川辺 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 桜ケ水（原水） | 麓 | 令和６年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 桜ケ水（浄水） | 麓 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 泗水 | 富 納（原水） | 住吉 | 令和５年８月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 富 納（浄水） | 亀尾 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
| 〃 | 桜 山（原水） | 永 | 令和５年８月 | ９ | 50以下 |
| 〃 | 桜 山（浄水） | 南田島 | 令和７年２月 | 5未満 | 50以下 |
※ 水質管理目標設定項目とは、「水道水中での検出の可能性があるなど、水質管理上留意すべき項目」として位置づけられた項目です。
